Vùng đất này trước đây thuộc tỉnh Gò Công, tuy nhiên cũng có thời kỳ thuộc huyện Gò Công, tỉnh Mỹ Tho.

Trong giai đoạn 1957-1968, chính quyền Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam và sau này là Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam đặt huyện Gò Công trực thuộc tỉnh Mỹ Tho. Đến tháng 8 năm 1968, huyện Gò Công lại được chính quyền Cách mạng tách ra khỏi tỉnh Mỹ Tho để tái lập tỉnh Gò Công. Vùng đất Gò Công Đông ngày nay khi đó tương ứng với huyện Đông thuộc tỉnh Gò Công trong giai đoạn 1968-1976.

Sau ngày 30 tháng 4 năm 1975, chính quyền quân quản Cộng hòa miền Nam Việt Nam ban đầu vẫn đặt huyện Đông thuộc tỉnh Gò Công cho đến đầu năm 1976.

Tháng 2 năm 1976, tỉnh Gò Công sáp nhập với tỉnh Mỹ Tho và thành phố Mỹ Tho để thành lập tỉnh Tiền Giang. Lúc này, huyện Đông sáp nhập với huyện Tây thành huyện Gò Công thuộc tỉnh Tiền Giang.

Ngày 26 tháng 3 năm 1977, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định số 77-CP[4]. Theo đó, chuyển thị xã Gò Công thành thị trấn Gò Công, thị trấn huyện lỵ huyện Gò Công.

Ngày 13 tháng 4 năm 1979, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định số 155-CP[1]. Theo đó, chia huyện Gò Công thành hai huyện Gò Công Đông và Gò Công Tây.

Huyện Gò Công Đông gồm thị trấn Gò Công và 16 xã: Bình Ân, Bình Đông, Bình Nghị, Bình Xuân, Gia Thuận, Kiểng Phước, Phú Đông, Phước Trung, Tăng Hòa, Tân Điền, Tân Đông, Tân Phước, Tân Tây, Tân Thành, Tân Trung, Vàm Láng.

Ngày 13 tháng 2 năm 1987, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 23-HĐBT[5]. Theo đó, giải thể xã Tăng Hòa để thành lập thị trấn Tân Hòa, thị trấn huyện lỵ huyện Gò Công Đông.

Ngày 16 tháng 2 năm 1987, Hội đồng trưởng ban hành Quyết định số 37-HĐBT[6]. Theo đó, tách thị trấn Gò Công và một phần diện tích, dân số của hai xã Tân Đông, Bình Nghị để tái lập thị xã Gò Công.

Huyện Gò Công Đông còn lại 35.942 ha diện tích tự nhiên và 149.845 người với 16 đơn vị hành chính trực thuộc, gồm 1 thị trấn và 15 xã.

Ngày 9 tháng 3 năm 1992, chia xã Phú Đông thành hai xã Phú Đông và Phú Tân.[7]

Ngày 14 tháng 1 năm 2002, tái lập xã Tăng Hòa trên cơ sở 1.745,67 ha diện tích tự nhiên và 9.568 người của thị trấn Tân Hòa.[8]

Cuối năm 2007, huyện Gò Công Đông có 18 đơn vị hành chính trực thuộc, gồm thị trấn Tân Hòa và 17 xã: Bình Ân, Bình Đông, Bình Nghị, Bình Xuân, Gia Thuận, Kiểng Phước, Phú Đông, Phú Tân, Phước Trung, Tăng Hòa, Tân Điền, Tân Đông, Tân Phước, Tân Tây, Tân Thành, Tân Trung, Vàm Láng.

Ngày 21 tháng 1 năm 2008, Chính phủ ban hành Nghị định 09/2008/NĐ-CP[9]. Theo đó:

• Chuyển 3 xã Bình Đông, Bình Xuân và Tân Trung về thị xã Gò Công quản lý
• Tách 2 xã Phú Đông và Phú Tân để thành lập huyện Tân Phú Đông.

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, huyện Gò Công Đông còn lại 26.768,16 ha diện tích tự nhiên và 143.418 người với có 13 đơn vị hành chính trực thuộc, gồm 1 thị trấn và 12 xã.

Ngày 30 tháng 9 năm 2010, giải thể xã Vàm Láng để thành lập thị trấn Vàm Láng.[10]

Huyện Gò Công Đông có 2 thị trấn và 11 xã như hiện nay.